Con una población de un millón 80 mil 999 habitantes, aunque Mexicali se ubicó como el segundo municipio más poblado de Baja California atrás de Tijuana de acuerdo con las cifras del Intercenso 2025 del INEGI, su crecimiento poblacional fue el más bajo (junto con Tecate) entre los ayuntamientos del Estado con el 2.97 por ciento con respecto al Censo del 2020. Se trata de la menor cifra desde 1950, cuando la población ascendió a 124 mil 362 habitantes, habiendo registrado el mayor crecimiento en el Censo de 1960 cuando avanzó 126.2 por ciento con una población de 283 mil 333, según los registros históricos del INEGI. Asimismo, su participación en el total de la población en el Estado se redujo a 27.2 por ciento, habiendo alcanzando su mayor registro en 1960 cuando fue del 54.8 por ciento, es decir, más de la mitad de la población vivía en la capital del Estado. En este sentido, los datos del Intercenso confirmaron la transformación demográfica que está registrando Baja California desde principios de este siglo.

Hoy Tijuana concentra el mayor número de habitantes con un millón 999 mil 816, pero el desarrollo poblacional se ha redistribuido, si bien dos de los municipios de más reciente creación presentan contrastes, ya que San Quintín tiene la menor edad mediana con 26 años de edad, en tanto que San Felipe tiene la mayor con 34, aunque con la atenuante de que tiene la menor población entre los ayuntamientos con 20 mil 520 y un crecimiento bajo debido a la pobreza y carencias que enfrenta la población en general, mismas que se recrudecieron con la separación de Mexicali. De hecho, poco después de que se separó de Mexicali comenzó una ola migratoria hacia la capital. En este sentido, según el Anuario Estadístico Municipal del 2026, en el año 2019 tenía 20 mil 214 habitantes y para el año siguiente disminuyeron a 18 mil 709, por lo que tomando como referencia estas cifras, que no maneja el INEGI, tendríamos una recuperación muy baja con respecto al 2019.

Después de San Felipe el municipio con más habitantes es Tecate (111,640) y siguen: San Quintín (125,323), Rosarito (159,768), Ensenada (480,527) y luego Mexicali y Tijuana. Por crecimiento, la variación más alta con respecto al 2020 la registró Rosarito (vecino del municipio más poblado), con 25.9 por ciento y muy por encima del estatal que fue del 5.6 por ciento. Después se ubicó Ensenada con 8.3 por ciento y le siguieron: San Quintín con 6.6 por ciento y Tijuana con 4.0 por ciento.